確定申告するのに年末調整する義務はあるのか?

年末調整と確定申告の義務関係は、意外に複雑です。
まずは個人納税者の義務から。

・扶養控除等申告書を会社に提出する義務はあるか?
⇒提出する義務があります。(所得税法第百九十四条第一項)
つまり、「どうせ確定申告するから、別に乙欄で源泉徴収されてもいいんで、扶養控除等申告書は出しません」は法的にはNGなのです。

次に、会社の義務。
・年末調整をする義務があるのか?
扶養控除等申告書を提出してきた社員の分は、年末調整をする義務があります。(逆に、扶養控除等申告書を提出しなかった社員の分は、義務はありません。)

つまり、一人社長が「どうせ確定申告をするので年末調整は面倒だからしない」というケースはよくあるかと思いますが、ふだん甲欄で源泉徴収していたら、それは「扶養控除等申告書を提出してきた社員」ということになるので、年末調整義務のある対象者ということになるのです。

ちゃんと確定申告すれば、最終的な税務署に納める金額は変わらないので、大した問題にはならないだろうと思われますが、年調で還付ではなく超過が発生する場合は、税務署へ納付するタイミングが一部遅れることになるので、これついては指摘される可能性があります。

そんな話は今まで聞いたことはありませんが、気を付けるようにしたいところですね。

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